Nato il 9 luglio 1808 nella contea di Mason, nel Kentucky, Alexander William Doniphan era figlio di Joseph e Anne Smith Doniphan, entrambi della Virginia. Dopo essersi formato come avvocato nel Kentucky, Doniphan si trasferì verso ovest, si stabilì a Lexington, nel Missouri, nel marzo 1830, e iniziò a praticare la professione legale. Nel maggio del 1833 si trasferì a Liberty, Missouri, una città in piena espansione nella parte più occidentale dello stato.
A Liberty, Doniphan continuò a costruire la sua pratica legale, acquisendo come cliente un gruppo impopolare, i mormoni, che erano stati fisicamente cacciati dalla contea di Jackson. Doniphan iniziò un’azione legale contro la contea di Jackson per rimettere i mormoni sulla loro terra e per ottenere un risarcimento per le perdite dovute alla violenza antimormone. Presentò anche accuse penali contro coloro che erano stati accusati di azioni mafiose. Non ebbe molto successo. Nel febbraio 1834 il procuratore generale del Missouri, Robert William Wells, informò i mormoni, dopo le udienze preliminari, “che ogni speranza di azioni penali era finita”. Le accuse civili non furono trattate in modo più soddisfacente, e alla fine i mormoni non poterono tornare nella contea di Jackson. Doniphan, tuttavia, aiutò a stabilire la contea di Caldwell, creata appositamente nel Missouri occidentale, come un rifugio per loro.
Nel 1838 Doniphan entrò nella Milizia di Stato del Missouri, accettando un incarico come generale di brigata della divisione occidentale. Anche se questo segnò l’inizio della sua carriera militare, non sapeva che presto avrebbe incrociato di nuovo il cammino dei mormoni. La rapida crescita della contea di Caldwell e lo spostamento dei mormoni nelle contee circostanti avevano portato tensione nella parte occidentale dello stato. Una serie di incidenti, in cui entrambe le parti erano in difetto, scoppiò violentemente nell’agosto 1838 durante un’elezione a Gallatin, nella contea di Daviess, a nord della contea di Caldwell controllata dai mormoni. All’inizio di settembre la campagna era infuocata dal sentimento anti-mormone.
Il 25 ottobre 1838, quando un’unità militare mormone al comando di David W. Patten, un apostolo della Chiesa, impegnò un distaccamento della milizia al comando del capitano Samuel Bogart in quella che è stata battezzata la battaglia del Crooked River. Ne derivarono diverse perdite, con tre mormoni uccisi (uno dei quali era Patten) e una vittima nelle file di Bogart. L’ingaggio delle truppe statali, indipendentemente dalle circostanze che lo circondavano, e le voci che i mormoni erano in aperta ribellione contro lo stato furono sufficienti a spingere il governatore del Missouri, Lilburn W. Boggs, a chiamare rinforzi per ristabilire l’ordine.
Le truppe di Doniphan arrivarono a Far West, Missouri, la sede del governo della contea di Caldwell controllata dai mormoni, verso la fine di ottobre del 1838 e si unirono alla milizia di altre località. Il loro compito era quello di ottenere la consegna delle armi dei mormoni e la consegna dei principali leader mormoni per i quali erano in possesso di mandati di arresto. Doniphan servì come mediatore in questi negoziati, assicurando alla fine la resa dei leader mormoni il 31 ottobre.
Il giorno successivo il generale Samuel Lucas convocò una corte marziale, dichiarò Joseph Smith Jr. e altri leader mormoni colpevoli di tradimento e ordinò la loro esecuzione per fucilazione. Doniphan, apparentemente l’unico avvocato presente, protestò che la corte marziale era stata “illegale come l’inferno” perché i civili non erano soggetti alla legge militare e perché i giudici che sedevano per la corte marziale non erano tutti membri dell’esercito. Nonostante le sue suppliche, la mattina del 2 novembre Doniphan ricevette l’ordine di giustiziare i prigionieri. Si rifiutò di eseguire l’ordine e scrisse al generale Lucas: “È un omicidio a sangue freddo. Non obbedirò al vostro ordine. La mia brigata marcerà per Liberty domani mattina alle 8; e se giustizierete questi uomini, vi riterrò responsabile davanti a un tribunale terreno, che Dio mi aiuti”.
La posizione di Doniphan spinse Lucas a portare i prigionieri a Richmond, Missouri, per il processo durante la settimana del 12 novembre 1838. Ancora una volta Doniphan servì come consulente legale dei mormoni. Dopo una corte d’inchiesta preliminare la maggior parte dei prigionieri fu rilasciata, ma il profeta mormone Smith e alcuni altri leader chiave furono messi nella prigione di Liberty durante l’inverno del 1838-1839 in attesa del processo. Alla fine Doniphan riuscì ad ottenere un cambio di sede per loro da Daviess alla contea di Boone. Mentre erano in viaggio verso la sede della contea a Columbia, fu loro permesso di fuggire e lasciare lo stato.
L’identificazione di Doniphan con i mormoni impopolari del Missouri durante gli anni 1830 non danneggiò la sua carriera personale negli anni 1840. La sua carriera legale si intensificò dopo la guerra mormone, e fu sommerso da casi importanti e redditizi. Nel 1840 fu anche eletto al suo secondo mandato nella legislatura statale con una maggioranza schiacciante. All’inizio degli anni 1840, quindi, Doniphan aveva dimostrato le sue capacità in tre ambiti di carriera: la legge, la politica e l’esercito. All’epoca non aveva ancora quarant’anni.
Quando gli Stati Uniti entrarono in guerra con il Messico nel 1846, Doniphan comandò i First Missouri Volunteers. Parte